In questo terzo episodio sembra che i mutanti e gli umani trovino un pò di pace, infatti sembra che si sia trovato il modo di "ricivilizzare" i mutanti. Ma Magneto non é proprio d'accordo.. 

Gli X-Men sono mutanti, nati con incredibili superpoteri che li rendono diversi dal resto dell'umanità. Oggi, una misteriosa cospirazione del governo potrebbe cancellarne per sempre l'esistenza. La loro sola speranza di sopravvivere è allearsi contro i loro nemici ed evitare una guerra. 

Xander Cage, atleta di sports estremi, viene reclutato dal governo per una speciale missione.  

Un gruppo proveniente da una cellula impazzita dei servizi segreti ha intenzione di effettuare un colpo di stato ai danni della nazione e della democrazia. L'unica persona che può impedire questo disastro è reclusa in una prigione militare per aver disobbedito ad un superiore. Si tratta di Darius Stone. Ad accorgersi del suo potenziale è il responsabile dell'Agenzia per la Sicurezza Nazionale, l'agente Augustus Gibbons, il quale sa anche che per chiedergli di salvare l'America, dovrà prima aiutarlo ad evadere...